兵部尚书汪道昆也主动发言，认为现在兵部的职权过重，确实不利于朝廷，应该从兵部中划分出一些职权出来，以平衡朝局，其实在场的重臣们都很清楚，朱载坖向从兵部划走的就是职方司，因为在兵部中，直接和智挥作战有关的就是职方司了。

两京兵部都设有职方司，京师兵部职方司掌舆图、军制、城隍、镇戍、简练、征讨之事;三年一报地图，以听征调之令;阅视修浚城池，因事增置镇戍将校，设兵屯戍;巡视操练，请命将出师，悬赏罚、调兵食、纪功过，及关津、缉捕、整顿军伍诸事。南京兵部亦置，掌守卫南京内外城门及皇陵，操练各营及江操官军，维持南京地方治安等。

朱载坖认为兵部职方司的权力过重，不能够有效的履行职务，而且职方司的官员多是文官，对于军务也不一定精通，军国重事，岂可儿戏，朱载坖认为将兵部的职方司予以撤销，在练兵军务处下设参谋司和军令司，将指挥权收归练兵军务处。

此举无疑是大大降低了兵部在军务上话语权，同时将对于卫所的管理和卫所军余子弟、卫所京操军士等的管理从兵部也重新回归到五军都督府，使得五军都督府的职权得以恢复。

但是朱载坖同时增加了兵部在军政上的话语权，首先是太仆寺、军器监、卫尉寺这三个衙门划归兵部管理，太仆寺卿、军器监正、卫尉寺卿都加兵部侍郎衔，这样的话，马政、军器、军法都由兵部管理，可以极大的增强兵部在军政的上的话语权。

除此之外，还要在兵部新设清军、军储、测绘三司，分别负责军籍核实，军储管理和舆图测绘等工作，兵部更多的负责将校的推荐，士卒招募、军籍核实，粮秣军器的保障，地图的测绘等工作，而具体的训练和指挥，则由练兵军务处负责。

当然朱载坖不仅仅是要对兵部进行改革，而是要是整个指挥系统予以重建，在明确了兵部的职权之后，就是要明确五军都督府的职权了，按照大明会典的规定，五军都督府是有很大的权力的，五军都督府分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。凡武职世官、流官、土官之袭替、优养、优给等项，所属皆上报于府，由五府上奏皇帝请旨。选定后，经府下达都司卫所。首领官之选授和给由，皆由吏部。

其它如武官诰敕、水陆步骑之操练，军伍之清勾替补，俸粮、屯费与屯种之器械、舟车，军情声息，边腹地图文册、薪炭荆苇诸事，与相关机构会同处理，各府只有统兵权，调兵之权在兵部，每逢战事发生，由皇帝命将为帅，调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征